M54發動機的常見故障是VANOS系統故障，而VANOS系統故障主要是密封圈的問題。
首先，VANOS系統被稱為可變凸輪軸正時控制系統，用于提高發動機在中低速時的扭矩輸出，減少怠速時的殘余排氣量，降低油耗和排放。
每個汽車制造商都有類似的系統，但技術細節不同(例如，豐田稱為VVT-i，本田稱為i-VTEC)。VANOS系統的工作原理是一樣的，通過液壓系統控制凸輪軸角度來調整氣門正時。
當時寶馬選用的橡膠材料不能長時間在高溫機油中工作，導致橡膠密封圈快速老化。通常情況下，橡膠硬化密封在3-5萬公里時逐漸失效，最終使VANOS癱瘓，消耗動力，同時無所作為。
如果VANOS系統出現故障，將會出現以下癥狀:
1.整體動力下降，尤其是低速時；
2.冷啟動困難；
3.轉速很難達到3000轉/分；
4.動力輸出不是線性的，升降齒輪運動；
5.怠速不穩；
6.弱on 空調整；
7.油耗大幅增加，至少10%。
